Bardzo dobre relacje Najwyższego Przywódcy z prezydentem Rafsandżanim zaczęły psuć się już ok. 1993. W wymienionym roku Chamenei w liście otwartym zażądał od niego większego zainteresowania losem najuboższych i zredukowania zależności Iranu od zagranicznego importu, kredytów i handlu ropą naftową. W parlamencie rząd był krytykowany za nieudolność w odbudowie kraju ze zniszczeń wojennych.
Prezydentura Mohammada Chatamiego thumb|Ali Chamenei w 2015 W 1997 prezydentem Iranu został Mohammad Chatami, który w wyborach prezydenckich startował pod hasłami demokratyzacji, państwa prawa i budowy prawdziwego społeczeństwa świeckiego. Stało się tak wbrew życzeniom Chameneiego, który popierał konserwatywnego kandydata Alego Akbara Nategh Nuriego. Trzy lata później zwolennicy reform odnieśli również sukces w wyborach do Zgromadzenia Ustawodawczego. Najwyższy Przywódca początkowo deklarował neutralność w sporze między reformatorami a konserwatystami, jednak w miarę umacniania się pozycji pierwszej frakcji coraz wyraźniej wspierał drugą. Rada Strażników oraz zdominowana przez konserwatystów Rada Ustalania Właściwego Porządku blokowały propozycje zmian w państwie zgłaszane przez reformatorów;