W 1988 opowiadał się za zakończeniem wojny iracko-irańskiej, uznając, że wskutek poparcia zagranicznych mocarstw dla Iraku była ona dla Iranu niemożliwa do wygrania.
Ajatollah Chomejni początkowo wskazywał jako swojego następcę ajatollaha Alego Hosejna Montazeriego, jednak ostatecznie zmienił zdanie. Przed śmiercią sugerował, że życzy sobie, by Chamenei został kolejnym Najwyższym Przywódcą Islamskiej Republiki Iranu. Chamenei był wówczas za młody i nie posiadał stosownego tytułu ajatollaha (był jedynie hodżdżatoleslam). W związku z tym podjęto prace nad zmianą konstytucji Iranu, jednak do śmierci Chomejniego nie ukończono ich. Mimo to w sierpniu 1989 Ali Chamenei został wybrany przez Zgromadzenie Ekspertów na nowego Najwyższego Przywódcę, natychmiast też otrzymał tytuł ajatollaha. Nowym prezydentem został natomiast blisko współpracujący z nim Rafsandżani.
Najwyższy Przywódca Iranu thumb|Xi Jinping i Ali Chamenei w Teheranie (2016) thumb|Baszszar al-Asad i Ali Chamenei w Teheranie (2019) Pozycja nowego Najwyższego Przywódcy była nieporównywalnie niższa od tej, którą cieszył się Ruhollah Chomejni.