Katolicyzm po raz pierwszy pojawia się w Mongolii w czasie rządów dynastii Yuan, na przełomie XIII i XIV wieku. Po upadku tej dynastii zanikł, podobnie jak nestorianizm po załamaniu się imperium mongolskiego. Kolejne misje pojawiają się dopiero w połowie XIX wieku, po przegranych przez Chiny wojnach opiumowych. W Mongolii Zewnętrznej ustanowiono nawet pierwszą katolicką metropolię dla tych ziem. W XX wieku w Mongolii do władzy doszli komuniści, którzy w myśl obowiązującego ateizmu zwalczali wszelkie religie.
Wraz z upadkiem reżimu komunistycznego w 1990 powrócili duchowni katoliccy i doszło do wznowienia działalności misyjnej. W 1992 Watykan i Mongolia nawiązały stosunki dyplomatyczne, co znacznie ułatwiło im pracę misyjną. W 2006 ustanowiono w Mongolii biskupstwo. Papież Jan Paweł II planował odwiedzić Mongolię, ale zrezygnował z tego pomysłu, obawiając się reakcji ze strony Rosji i Patriarchatu Moskiewskiego. Obecnie wspólnota Kościoła w Mongolii liczy nieco ponad 1000 katolików, wśród których posługuje 20 księży i 50 sióstr zakonnych w sześciu parafiach. Dnia 28 sierpnia 2016 r., ksiądz biskup Wenceslao Padilla, prefekt Ułan Bator, udzielił święceń kapłańskich pierwszemu katolikowi z Mongolii – Josepfowi Enkhbaatar.
Prawosławie