W Mongolii żyją wyznawcy Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. Są to zarówno Mongołowie nawróceni na prawosławie przez misje wysyłane z Rosji między 1771 a 1845, jak i mieszkający w Mongolii Rosjanie. Pierwsza świątynia prawosławna na terenie tego kraju powstała w 1864.
Protestantyzm
Protestanci po raz pierwszy rozpoczęli działalność misyjną na terenie Mongolii w XIX wieku. Dojście do władzy komunistów spowodowało jednak, iż obecność protestantów niemal całkowicie zanikła. Protestanccy misjonarze, wywodzący się głównie z Korei Południowej i Stanów Zjednoczonych, wrócili do Mongolii po upadku komunizmu w 1990.
Spośród wyznań protestanckich w Mongolii występują luteranie, prezbiterianie, adwentyści, oraz rozmaite wyznania ewangelikalne, w tym głównie baptyści i zielonoświątkowcy. Mongolski Alians Ewangelikalny liczy około 35 tys. wyznawców. Posiadają oni lokalną stację telewizyjną, Eagle TV i radio – Family Radio.
Mongolscy protestanci wysyłają misjonarzy do krajów Azji centralnej.
Mormoni Prowadzą oni działalność misyjną od 1992. Liczba mormonów w Mongolii wynosi około 8000 osób.