Pierwszymi chrześcijanami na terenie Mongolii byli wyznawcy Kościoła Wschodu, zwani nestorianami. Kościół ten podejmował wiele akcji misyjnych, także wśród Mongołów. W czasie istnienia imperium mongolskiego, większość wielkich chanów była wyznawcami szamanizmu lub buddyzmu, ale prowadzili oni politykę tolerancji religijnej wobec innowierców, takich jak muzułmanie, chrześcijanie czy manichejczycyA History of Religion in Mongolia. Po upadku imperium, nestorianizm na tych terenach szybko jednak zanikł.
Z powodu niekorzystnych warunków pogodowych wiele śladów nestorianizmu na terenach Mongolii uległo zniszczeniu, co utrudnia prowadzenie prac archeologicznych, które mogłyby rzucić nieco więcej światła na wpływ chrześcijaństwa wśród Mongołów. Do naszych czasów przetrwało stosunkowo niewiele śladów, takich jak malunki ścienne, płyty nagrobne i manuskrypty.
Katolicyzm