Sprawa zbrodni wojennych popełnianych rzekomo przez ludność Krety była przedmiotem dochodzenia, które przez trzy miesiące prowadził dwunastoosobowy zespół sędziów Wehrmachtu. O ile we wstępnym raporcie z 4 czerwca zapisano, że „wielu spadochroniarzy zostało poddanych nieludzkiemu traktowaniu lub okaleczeniom”, o tyle późniejsze wyniki śledztwa nie potwierdziły tej tezy. Niemieccy sędziowie doliczyli się bowiem jedynie około 25 przypadków okaleczenia niemieckich żołnierzy, przy czym najwięcej, tj. od sześciu do ośmiu, w rejonie Kastelli. W zdecydowanej większości przypadków obrażenia powstały już po śmierci żołnierza.

Niemniej nie czekając na wyniki dochodzenia, niemieckie dowództwo jeszcze przed zakończeniem bitwy zarządziło przeprowadzenie zakrojonej na szeroką skalę akcji odwetowej wobec cywilnej ludności Krety. MacDonald jest jednak zdania, że represje nastąpiłyby nawet gdyby informacje o okrucieństwach Kreteńczyków zostały odpowiednio wcześniej zdementowane, gdyż niemieckie dowództwo nie puściłoby płazem masowego udziału cywilów w walce. Antony Beevor wskazuje, że bezwzględne traktowanie prawdziwych i domniemanych partyzantów było wpisane w niemiecką doktrynę wojenną.