Petitjean został mianowany Wikariuszem Apostolskim Japonii. Jednak w lipcu 1867 wznowiono prześladowania; 40 000 wiernych z Urakami w pobliżu Nagasaki zostało zesłanych do różnych prowincji. Około jedna trzecia wygnańców zmarła lub nie wróciła.
Odrodzenie katolicyzmu w Japonii Dopiero w marcu 1873 (pod presją mocarstw europejskich i USANicholas Bornoff, Japonia. Przewodnik National Geographic, National Geographic Society, 2000, s.23, .) w Japonii oficjalnie uznano chrześcijaństwo i zaczęto tolerować kult publiczny dla wszystkich.
W maju 1876 Japonia została podzielona na dwa Wikariaty Apostolskie, Południowy i Północny. Od 1878 misjonarze katoliccy rozpoczęli podróże misyjne po kraju, początkowo ograniczone, stopniowo obejmowały coraz większe obszary. W marcu 1888 utworzono Wikariat apostolski środkowej Japonii. Wreszcie 11 lutego 1889 Konstytucja Meiji uznała wolność sumienia i wyznania.