W 1890 odbył się w Nagasaki pierwszy synod biskupów Japonii. 15 czerwca tego samego roku została ustanowiona hierarchia kościelna z arcybiskupem Tokio i 3 sufraganami (biskupi Nagasaki, Osaki i Hakodate). Chociaż spadała liczba konwersji, to rozwijała się oświata katolicka, działalność charytatywna i wydawnicza, np. katolickie czasopismo "Kyoto Bambo". thumb|right|199x199px|Abp Paul Yoshigorō Taguchi (1902-1978), arcybiskup metropolita Osaki Zakony W 1900 było w Japonii 62 694 katolików, w tym 93 zakonników i 389 zakonnic. Japońscy zakonnicy i zakonnice pochodzili przede wszystkim z dawnych "ukrytych chrześcijan" na Kiusiu. W 1888 przybyli do Japonii marianie i zajęli się głównie tworzeniem placówek edukacyjnych. W 1896 na Hokkaido przybyli trapiści i założyli tam gospodarstwa rolne, a w 1898 osiedlili się na Kiusiu. W 1905 na Sikoku osiedli dominikanie. Franciszkanie powrócili do Japonii w 1906 (Sapporo i Hakodate) i zajmują się edukacją. Werbiści przybyli w 1907 i również poświęcili się pracy w edukacji. W 1908 do Japonii po ponad 250 latach nieobecności powrócili jezuici i w 1913 w Tokio założyli Uniwersytet Sophia.