Tworzyli odizolowane wspólnoty, które pozbawione duchownych i pism katolickich i zmuszone do udawania wyznawców buddyzmu i shintō, stopniowo oddalały się od doktryny katolickiej (synkretyzm religijny), utrzymując jednak świadomość przynależności do chrześcijaństwaHidden Christians’ endeavours to continue their religious faith (ang.), World Cultural Heritage, dostęp 02.01.2021. W XVII wieku misjonarze katoliccy z Europy, mimo grożącej im za to śmierci, podejmowali próby przedostania się do Japonii, jednak wszyscy zostali tam pojmani i zabici lub zmuszeni do apostazji.
Zakończenie prześladowań Japonia pozostawała całkowicie zamknięta dla Kościoła rzymskokatolickiego do połowy XIX wieku. Dopiero od kwietnia 1844 na wyspę Okinawa zaczęli przybywać francuscy misjonarze katoliccy, którzy nie mieli jednak wstępu na główne wyspy japońskie. 8 października 1858 podpisano traktat między Francją a Japonią, który pozwalał na obecność misjonarzy i na budowę kościołów dla cudzoziemców w "otwartych portach" Japonii. W nowym kościele w Nagasaki (obecnie: Bazylika 26 męczenników japońskich) 17 marca 1865 po raz pierwszy po ponad 200 latach ujawniła się przed księdzem B. Petitjeanem grupa 15 "ukrytych chrześcijan", zapewniając go, że jest ich bardzo wielu, co najmniej 50 000. W 1866 ks.