24 lutego 2014 papież Franciszek mianował go pierwszym prefektem Sekretariatu ds. Gospodarczych Stolicy Apostolskiej. W 2017 został urlopowany przez papieża Franciszka na czas trwania śledztwa dotyczącego seksualnego wykorzystywania małoletnich. 26 lutego 2019 szef Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej, Alessandro Gisotti, ogłosił za pomocą Twittera, że kardynał George Pell nie jest już prefektem tego sekretariatu. Gisotti nie wyjaśnił, czy prefekt został zdymisjonowany, czy upłynęła jego kadencja. Tego samego dnia kardynał Pell otrzymał od papieża Franciszka zakaz publicznego pełnienia posługi i kontaktów z małoletnimi.
8 czerwca 2021 w związku z ukończeniem 80 lat kardynał Pell utracił prawo udziału w konklawe.
14 stycznia 2023 roku, w Bazylice św. Piotra w Watykanie, w uroczystościach pogrzebowych kardynała Georga Pella uczestniczył papież Franciszek.