Oskarżenia dotyczące seksualnego wykorzystywania małoletnich 29 czerwca 2017 został oskarżony o wielokrotne molestowanie seksualne. W swojej odpowiedzi Pell zaprzeczył wszystkim zarzutom. Na czas trwania procesu został urlopowany. Główna część procesu, podczas którego w jego obecności przesłuchano 50 świadków, rozpoczęła się 5 marca 2018 i trwała do 29 marca. 1 maja sąd uznał, że połowa wysuwanych wobec niego zarzutów molestowania seksualnego jest wystarczająco uprawdopodobniona i może doprowadzić do jego ukarania, co oznaczało rozpoczęcie procesu karnego w sprawie molestowania.
Zarzuty wobec kardynała podzielono na dwa okresy – wydarzenia z roku 1996 oraz lata 60. i 70. – które postanowiono rozpatrzyć podczas dwóch różnych procesów sądowych. Pierwszy (dotyczący wydarzeń z 1996) rozpoczął się 7 listopada. 11 grudnia 2018 kardynał Pell został przez sąd w Melbourne uznany winnym przestępstw seksualnych wobec małoletnich. 13 marca 2019 Pell został uznany przez sąd stanu Wiktoria za winnego przestępstw seksualnych popełnionych w 1996 wobec dwóch 13-letnich chłopców z chóru w katedrze świętego Patryka w Melbourne i skazany na 6 lat więzienia. Pell został osadzony w więzieniu o zaostrzonym rygorze. 21 sierpnia 2019 sąd stanu Wiktoria odrzucił apelację i utrzymał wyrok.