W XX wieku 250px|right|thumb|Ikona nowomęczenników chińskich thumb|250px|Nieczynna cerkiew św. Aleksandra Newskiego w Hankou wzniesiona przez rosyjskich misjonarzy W odróżnieniu od misji innych wyznań chrześcijańskich, rosyjska misja nie napotykała przez pierwsze 160 lat istnienia wrogości ze strony ludności chińskiejP. Paszkiewicz, W służbie..., s.228. Dopiero w czasie powstania bokserów obiekty misji zostały zniszczone w nocy 11 czerwca 1900, zaś jej zwierzchnik archimandryta Innocenty (Figurowski) z innymi kapłanami i częścią wiernych schronił się w ambasadzie rosyjskiej. Spośród prawosławnych Chińczyków i Rosjan 222 osoby zostały zamordowane w czerwcu 1900. Ofiary te zostały następnie kanonizowane jako nowomęczennicy chińscyСобор святых мучеников китайских. Po tych zniszczeniach oberprokurator Świętego Synodu Konstantin Pobiedonoscew zalecał zamknięcie misji, ale ostatecznie zdecydowano o jej odbudowie. Do I wojny światowej kompleks budynków misji działał w dotychczasowym kształcie. Odbudowano również cerkiew Zaśnięcia Matki Bożej w Pekinie i wzniesiono nową pod wezwaniem Nowomęczenników Chińskich. Praca misyjna była jednak prowadzona na znacznie mniejszą skalę;