Ponieważ wszystkie reagenty w układzie znajdują się w stanie równowagi chemicznej oraz ich potencjalna liczba może być bardzo duża, to możliwe jest prowadzenie selekcji cząsteczek o określonych właściwościach poprzez modyfikację warunków reakcji lub wprowadzenie dodatkowych substancji niebiorących bezpośrednio w niej udziału. Poprzez dodanie odpowiedniego wzorca, z którym oddziałują powstające związki, możliwe jest przesunięcie równowagi w stronę produktów, które tworzą stabilniejszy kompleks z dodaną substancją wzorcową (termodynamiczny efekt wzorca). Po osiągnięciu stanu równowagi, w którym ułamek molowy oczekiwanego produktu ma wysoką wartość, eksperymentator może zmienić warunki reakcji by zapobiec równowagowaniu i "zamrozić" istniejącą w danym momencie równowagę.
Układy zablokowane mechanicznie Układy zablokowane mechanicznie to grupa związków chemicznych, których elementy składowe są ze sobą związane jedynie poprzez odpowiednią topologię całej cząsteczki. W układach taki ponadto możliwe jest występowanie słabych wiązań niekowalencyjnych (które często są pomocne podczas syntezowania takich układów), ale nie wiązań kowalencyjnych.