Pewną analogią do takich układów stanowią kompleksy tworzone przez receptory ze swoimi efektorami lub przeciwciała specyficznie rozpoznające antygeny.
Synteza ukierunkowana na wzorzec Wykorzystanie samoorganizacji cząsteczek oraz rozpoznania molekularnego może być wykorzystane w specyficznym typie supramolekularnej katalizy. Niekowalencyjne wiązania pomiędzy reagującymi związkami prowadzą do zbliżenia się fragmentów podlegających reakcji chemicznej ułatwiając jej zajście. Ta metoda może być szczególnie użyteczna w sytuacji, gdy konformacja konieczna do zajścia danej reakcji jest termodynamicznie lub kinetycznie niestabilna, czego przykładem może być synteza dużych układów makrocyklicznych. Ponadto taka kataliza może zostać z powodzeniem wykorzystana w syntezie stereoselektywnej, prowadząc do uzyskania związków o określonej stereochemii.
Dynamiczna chemia kowalencyjna Dynamiczna chemia kowalencyjna stanowi podejście, którego celem jest synteza dużych cząsteczek za pomocą reakcji odwracalnych, będących pod kontrolą termodynamiczną.