Przykładami związków charakteryzujących się taką strukturą są rotaksany, katenany oraz węzły molekularne.
Biomimetyki Biomimetyki stanowią układy supramolekularne mające na celu imitowanie struktury lub własności naturalnych układów biologicznych. Przykładami biomimetyków mogą być systemy sztucznej fotosyntezy, sztuczne receptory, peptydomimetyki lub modyfikowane chemicznie białka.
Maszyny molekularne Maszyny molekularne to pojedyncze cząsteczki lub ich układy zdolne do wykonywania ruchu bądź znacznych zmian w ich geometrii pod wpływem bodźca zewnętrznego. Podobnie jak w przypadku biomimetyków, głównym źródłem inspiracji przy projektowaniu takich struktur stanowią układy biologiczne. Sztandarowymi przykładami mogą być białka motoryczne takie jak dyneiny, kinezyny lub kompleksy aktyny z miozyną, a także wici lub rzęski, będące przykładami bardziej złożonych maszyn molekularnych. Badania nad takimi układami stanowią domenę zarówno chemii supramolekularnej jak i nanotechnologii.