Od rozbiorów do 1945 I rozbiór Polski w 1772 pozostawił Szubin w granicach Rzeczypospolitej, jednak już rok później, w 1773 król pruski drogą dodatkowej aneksji włączył Szubin do swojego państwa. W latach 1807–1815 miasto należało do Księstwa Warszawskiego, by następnie znowu znaleźć się w granicach Prus. W 1818 Szubin został miastem powiatowym, a w 1835 otrzymał sąd okręgowy. Powstały wówczas drogi bite do Bydgoszczy, Nakła, Żnina i Kcyni.
Polscy mieszkańcy Szubina brali czynny udział w powstaniach: kościuszkowskim, listopadowym i styczniowym. W czasie insurekcji w 1794, a zwłaszcza w jej schyłkowym okresie (październik–listopad), w regionie Szubina operował oddział płk. Krupeckiego, który toczył walki zaczepne z pacyfikującymi powstanie kolumnami pruskimi. Z kolei w 1848, podczas Wiosny Ludów, miasto było widownią zaburzeń i ruchów wolnościowych. Jednym z liderów ówczesnego ruchu społecznego w Szubinie był ks. Jan Komasiński. W okresie rządów Ottona von Bismarcka o utrzymanie polskości walczyły polskie stowarzyszenia kościelne i świeckie (np. Chór „Halka”, Towarzystwo Gimnastyczne „Sokół” i inne).