Początek roku 1919 przyniósł usunięcie władzy pruskiej z Szubina i ziemi szubińskiej, wywalczone przez powstańców wielkopolskich. Długie i krwawe walki, decydujące o powodzeniu całego powstania, toczyły się pod Szubinem, Rynarzewem (bitwa o pociąg pancerny) i na linii Noteci. Dowódcą grupy północnej wojsk powstańczych, która odniosła zwycięstwo w walkach o Szubin, był gen. Kazimierz Grudzielski. W latach 1921–1926 w mieście funkcjonowała Powiatowa Komenda Uzupełnień Szubin.
W 1939 miasto zostało zajęte przez wojska niemieckie, a następnie włączone bezpośrednio do III Rzeszy. Administracja hitlerowska nadała miastu nową nazwę – Altburgund. Niemcy utworzyli w Szubinie obóz dla internowanych osób cywilnych (Zivilinternierungslager), a następnie obozy jenieckie „Stalag 64”, „Oflag XXI B”, „Stalag XXI B” (w niedalekim Turze () i „Oflag 64 Altburgund” dla aliantów: Polaków z kampanii wrześniowej, Francuzów, Brytyjczyków, Amerykanów, Australijczyków i Rosjan. Przebywało w nich ogółem 20 tys. jeńców, jednorazowo po 5 tys. W „Oflagu 64 Altburgund” przebywał pułkownik John Waters, zięć amerykańskiego generała Georga Pattona, oraz pułkownik John H. Van Vliet Jr. – świadek zbrodni katyńskiej i autor tzw. "Raportu van Vlieta" (ang.