W 1887 władze Uniwersytetu przeniosły umieszczoną w amfiteatrze galerię obrazów do nowo powstałego Collegium Novum. Pod koniec XIX wieku zlikwidowano podwórze Collegium od strony ulicy Gołębiej, na którym znajdowały się ubikacje; na terenie tym postawiono Collegium Phisicum, a cześć dołączono do ogrodu akademickiego. W 1880 budynek odwiedził cesarz Franciszek Józef, a w 1887 arcyksiążę Rudolf. W 1890 wewnątrz Collegium Nowodworskiego założono toalety.W tym samym roku usunięto zewnętrzne schody prowadzące do budynku od strony ulicy św. Anny. W 1897 rozpoczęto budowę nowej siedziby dla gimnazjum św. Anny, znajdującej się przy pl. Na Groblach. W 1898 szkołę przeniesiono do nowej siedziby.
XX wiek Budynek, po opuszczeniu przez Nowodworek, przez kilka lat znajdował się w użytkowaniu Wyższej Szkoły Realnej. W 1899 Kolegium Nowodworskiego przekazano rozrastającej się Bibliotece Jagiellońskiej, od dłuższego czasu mającej problemy z pomieszczeniem zbiorów w dotychczasowej siedzibie w Collegium Maius. W niektórych pomieszczeniach rozlokowano inne jednostki uniwersyteckie, jak Seminaria: Filologiczne, Archeologiczne i Prawnicze, Bibliotekę Medyczną czy też Zakład Matematyczno-Fizyczny (ten ostatni do 1925). Do 1905, w związku ze zmianą przeznaczenia, dokonano znacznych przekształceń budynku;