W latach 70. XVIII wieku stan techniczny budynku przedstawiał się źle. Przy okazji reformy Szkół Nowodworskich przez Hugona Kołłątaja doszło do poważnej renowacji kolegium. W 1786 znajdujące się w budynku oratorium przekształcono w amfiteatr, tj. aulę szkolną. W 1810 szkołę wizytował książę warszawski Fryderyk August. Od czasów reformy Kołłątajowskiej do połowy XIX wieku wygląd budynku zasadniczo nie zmienił się. W latach 40. XIX wieku z uwagi na zły stan techniczny zasypano i zamurowano piwnice budynku. W 1845 miała miejsce potężna renowacja Collegium. W tym okresie w amfiteatrze budynku miały miejsce zebrania m.in. Izby Reprezentantów Rzeczypospolitej Krakowskiej i krakowskiego Towarzystwa Naukowego. W 1849 miał miejsce remont tylnego pawilonu kolegium.. Podczas wielkiego pożaru Krakowa w 1850 budynek ocalał nietknięty.
W 1855 do budynku dobudowano nowe, trzecie skrzydło od strony Plant. Autorem planu skrzydła był Tomasz Majewski. Nowa część budynku utrzymana została w stylistyce zbliżonej do starszych skrzydeł Collegium. Pawilon zwieńczony został dachem czterospadowym. Mieścił pięć pomieszczeń na parterze i pięć na piętrze.