podłączono go też do wodociągu. Przerwa w działalności Biblioteki nastąpiła w 1914, kiedy Collegium Nowodworskiego zajęto na tymczasowy szpital wojskowy; biblioteka wznowiła działalność w 1916. W latach 1927–1932 dokonano renowacji kolegium. W 1931 Biblioteka Jagiellońska przejęła cały budynek.
Niemcy, po zajęciu Krakowa, w listopadzie 1939 postanowili zamknąć bibliotekę w Collegium Nowodworskiego. Następnie w 1940 zbiory przeniesiono z ich rozkazu do wybudowanego jeszcze przed wojną nowego budynku Biblioteki Jagiellońskiej, w Collegium Nowodworskiego zaś ulokowano dyrekcję Ostinstitutu.
Budynek zdołał przetrwać II wojnę światową bez większych uszkodzeń. Od 1949 udostępniono go nowo powstałej Akademii Medycznej. Od tego czasu na określenie Collegium Nowodworskiego używa się także nazwy Collegium Medicum. Nowe władze budynku postanowiły wyburzyć przewiązkę łączącą go z Collegium Maius. Przebudowano toalety, wyremontowano fasadę, na dziedzińcu zamontowano elektryczną fontannę. W latach 70. wymieniono bruk dziedzińca na nowy. Do końca XX wieku przeprowadzono kilka remontów mających na celu przywrócenie pierwotnego wyglądu budynku: odtworzono między innymi piwnice. W 1993, po włączeniu Akademii Medycznej w struktury UJ, budynek stał się ponownie własnością Uczelni.