W Niemczech dojechał pierwszy, a do następnego wyścigu na Węgrzech zakwalifikował się szósty, lecz po kolizji z Ralfem Schumacherem dojechał jedenasty. W następnych trzech wyścigach, czyli w Turcji, Belgii i Włoszech był drugi. Główny rywal Alonso w walce o tytuł, czyli Kimi Raikkonen wygrał wyścigi na Węgrzech, w Turcji oraz Belgii. Następnym był wyścig w Brazylii, gdzie Alonso dojeżdżając trzeci za Raikkonenem już zdobył mistrzowski tytuł. Następne Grand Prix odbyły się w Japonii i w Chinach. W Japonii dojechał trzeci, a w Chinach pierwszy. Sezon zakończył na pierwszym miejscu z dorobkiem 133 punktów.
W 2005 roku został odznaczony Sportową Nagrodą Księcia Asturii za mistrzowski tytuł zdobyty w F1.
19 grudnia 2005 roku zespół McLaren ogłosił podpisanie kontraktu z Alonso na starty od sezonu 2007.
2006 thumb|Fernando Alonso podczas Grand Prix Kanady (2006) Na sezon 2006 partnerem Hiszpana pozostał Giancarlo Fisichella. Alonso sezon rozpoczął od zwycięstwa w Bahrajnie. Następnie zajął drugie miejsce w Malezji, a potem znów odniósł zwycięstwo w Australii. Po nieudanych kwalifikacjach Alonso, wyścig w San Marino zakończył na piątym miejscu. W następnym Grand Prix było już lepiej, na torze Nurburgring podczas Grand Prix Europy dojechał drugi.