Potem rozpoczęła się dominacja Hiszpana, gdzie wygrał cztery wyścigi z rzędu w Hiszpanii, Monako (gdzie doszło do słynnej kontrowersji z udziałem Michaela Schumachera, który ustawił bolid w poprzek aby zwiększyć przewagę nad Alonso, który będzie musiał zwolnić. Niemiec ostatecznie został ukarany karą Stop & Go.), Wielkiej Brytanii oraz Kanadzie. Dominację Alonso zatrzymał Michael Schumacher, który odniósł zwycięstwo na torze w Stanach Zjednoczonych, Francji oraz w Niemczech. Na Węgrzech Schumacher został sklasyfikowany na ósmym miejscu a Alonso nie ukończył wyścigu z powodu awarii silnika. Sensacyjnym zwycięzcą został Jenson Button. Następne Grand Prix odbywało się w Turcji gdzie Alonso dojechał drugi za Felipe Massą, którego było to pierwsze zwycięstwo w karierze. Następnego wyścigu na torze Monza we Włoszech, Alonso ponownie nie ukończył za sprawą awarii silnika. Następny wyścig w Chinach ukończył na drugim miejscu za swoim największym rywalem Michaelem Schumacherem. W Japonii Alonso odniósł kolejne zwycięstwo za sprawą awarii silnika w bolidzie Schumachera. W ostatnim wyścigu sezonu w Brazylii dojechał drugi za Felipe Massą i przed Jensonem Buttonem. To drugie miejsce dało mu drugi mistrzowski tytuł w jego karierze.