Hipoteza o zdradzie Amoniusza opiera się na fakcie, że jako jedyny z pogańskich nauczycieli kontynuował nauczanie po upadku szkoły Horapollona, a także na wzmiance Damascjusza o jego chciwości i o konflikcie, jaki miał Amoniusz z jednym z bohaterów Damascjusza, wujkiem Horapollona, Heraiskosem. Z drugiej strony informację o porozumieniu Amoniusza z biskupem podaje jedynie Damascjusz, który go wyraźnie nie lubi i który poprzez kontrast z chciwością Amoniusza idealizuje skromność jego ojca, a zwłaszcza dobroczynność matki, która z hojności popadła nawet w długi.
Richard Sorabji sugeruje, że Amoniusz mógł wyciszyć w swojej szkole wątki związane z teurgią i rytuałem pogańskim, aby nie wchodzić w konflikt z chrześcijaństwem i móc kontynuować działalność szkoły. Nie można też wykluczyć, choć brak na to dowodów, że nawrócił się na chrześcijaństwo. Data jego śmierci nie jest znana. Najprawdopodobniej żył jeszcze w 517 roku, gdy Jan Filopon wydał jego komentarz do Fizyki Arystotelesa, i raczej już nie żył, gdy Damascjusz pisał około 526 roku Żywot Izydora.