W okresie prowadzonych przez Amoniusza w szkole Horapollona wykładów doszło do przeprowadzonego na szeroką skalę ataku na środowiska pogańskie w Aleksandrii, będącego następstwem próby zdobycia tronu cesarskiego przez prefekta Illusa (484-488) i złożenia przez jego pomocnika Pamprepiosa obietnicy aleksandryjskim poganom poparcia dla ich praktyk religijnych w zamian za pomoc buntownikom. Wedle Damascjusza Amoniusz, który był niegodziwie chciwy i we wszystkim szukał korzyści jaką mógł odnieść, zawarł umowę z nadzorcą dominującej wiary. Uczeni sporo uwagi poświęcili naturze tego porozumienia pomiędzy Amoniuszem a patriarchą Piotrem III Mongosem. Według przedstawionych propozycji Amoniusz miał rozwijać neoplatońską doktrynę w kierunku łączenia pogańskich bogów w Jedno, a Jednego z Intelektem, ewentualnie miał zająć się wykładem Arystotelesa z pominięciem Platona lub w doktrynie Arystotelesa wyciszać teorię o wieczności i boskości świata albo wreszcie zdradzić kryjówki kolegów i uczniów.