Prace mały|Pierwsza strona komentarza Amoniusza do Isagogi Porfiriusza wydanego w 1500 roku w Wenecji. Z prac Amoniusza zachował się komentarz do Arystotelesowego O interpretacji oraz do Isagogi Porfiriusza. W formie notatek z wykładów sporządzonych przez studentów istnieją komentarze do Kategorii i Analityk Pierwszych. Zachował się także fragment komentarza do Platońskiego Fedona, w którym broni Platona przed zarzutem sceptycyzmu, i do Arystotelesowego O niebie, w którym wywodzi, że Arystoteles czyni Boga nie tylko przyczyną celową, ale i sprawczą świata.
Cztery komentarze Jana Filopona do Analityk pierwszych, Analityk wtórych, O powstawaniu i ginięciu i O duszy oparte są na wykładach Amoniusza, podobnie jak dwa komentarze Asklepiosa z Tralles do Metafizyki Arystotelesa i do Wprowadzenia do matematyki Nikomacha.
Z relacji Damascjusza wiadomo ponadto, że Amoniusz komentował również Platona. Około 515 roku Olimpiodor słuchał jego komentarza do Gorgiasza, a Asklepios wspomina, że słuchał komentarza Amoniusza do Teajteta.