Najstarszy brat Amoniusza zmarł w wieku siedmiu lat. Kiedy Amoniusz był jeszcze mały, umarł również jego ojciec. Amoniusz i jego młodszy brat, Heliodor, aż do pełnoletności otrzymywali publiczne stypendium. W latach młodzieńczych Amoniusz i Heliodor udali się pod opieką matki do Aten, w celu zdobycia wykształcenia filozoficznego w szkole Proklosa. Damascjusz, którego Życie Izydora jest głównym źródłem informacji o Amoniuszu, chwali pobożność i dobroczynność Aidesii, choć zaznacza, że po swej śmierci zostawiła synów w długach. Po powrocie z Aten, około 475 roku, Amoniusz podjął się prowadzenia wykładów z filozofii w szkole Horapollona. Pomiędzy 475 a 485 rokiem jego wykładów o filozofii platońskiej słuchał Damascjusz. Po latach o wykładach z około 515 roku na temat platońskiego Gorgiasza wspomina Olimpiodor. Młodszy brat Amoniusza, Heliodor, zajął się w dojrzałym wieku astronomią.