Po rewolucji 1905 roku zaczął identyfikować się jako Litwin. W tym czasie kierował chórem warszawskiego Towarzystwa Litewskiego Wzajemnej Pomocy. W 1907 wyjechał do Wilna, gdzie przebywał dwa lata. Współorganizował tam pierwszą Wystawę Sztuki Litewskiej i był jednym z 19 współzałożycieli Litewskiego Towarzystwa Artystycznego – założył w nim sekcję muzyczną.

W 1907 poznał krytyczkę sztuki, dziennikarkę i absolwentkę Uniwersytetu Jagiellońskiego Sofiję Kymantaitė, pod której wpływem rozpoczął naukę nieznanego mu wcześniej języka litewskiego. Jak sugeruje kuratorka wystawy o artyście Rasa Žukienė, innym motywem do nauki litewskiego mogły być również jego osobiste urazy. Gdy w Polsce nie chciano wykonać na koncercie jego symfonii W lesie tylko dlatego, że jej autor nie był Polakiem, Mikalojus musiał poczuć się dogłębnie zraniony. Ostatecznie poślubił Sofiję na początku 1909.