Załamanie nerwowe Pod koniec 1909 wyjechał do Petersburga, gdzie wystawił swoje prace i zdobył rozgłos w kręgu artystów rosyjskiego Srebrnego Wieku. Nawiązał też kontakt z grupą malarską „Świat Sztuki”. Jednakże właśnie wtedy nastąpiło nagłe załamanie stanu zdrowia artysty: przestał reagować na otoczenie, całymi godzinami siedział nieruchomo i odczuwał silny ból głowy. Lekarz stwierdził załamanie nerwowe w wyniku stresu i przepracowania oraz zalecił pobyt w zakładzie dla nerwowo chorych.
W 1910 został umieszczony w szpitalu psychiatrycznym „Czerwony Dwór” w podwarszawskim Pustelniku, który obecnie jest częścią Marek. Diagnoza postawiona przez tamtejszych lekarzy była jeszcze brutalniejsza: schizofrenia. Čiurlionis przebywał tam przez ponad rok. Gdy jego stan zdawał się już stopniowo poprawiać, artysta zaziębił się i w rezultacie nabawił zapalenia płuc. Osłabiony organizm nie podołał walce z chorobą.
Śmierć Čiurlionis zmarł w Pustelniku w 1911 w wieku niespełna 36 lat. Pochowano go na Cmentarzu na Rossie w Wilnie. Mowę pogrzebową wygłosił m.in. jego dawny nauczyciel Ferdynand Ruszczyc.