W 1902 wrócił do Warszawy i dokonał w swoim życiu niespodziewanej wolty – podjął naukę rysunku. W latach 1904–1906 studiował na warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych pod kierunkiem m.in. Ferdynanda Ruszczyca i Konrada Krzyżanowskiego. Serdecznie zaprzyjaźnił się wtedy z kolegą ze studiów Eugeniuszem Morawskim-Dąbrową, który – podobnie jak on – był kompozytorem i malarzem. Wraz z nim oraz rodziną Wolmanów wybrał się w 1905 do nadmorskiej Anapy i na Kaukaz. Do czasów dzisiejszych przetrwały wykonane przez Čiurlionisa fotografie z tej wyprawy, przedstawiające monumentalne pejzaże morskie, które posłużyły artyście jako zbiór szkiców i inspiracji do późniejszych dzieł malarskich.
Świadomość narodowa Mikalojus Čiurlionis (nie używał tej wersji imienia, bo została stworzona kilka dziesięcioleci po jego śmierci) nie znał języka litewskiego, a jego językiem rodzinnym był polski. Przez całe swoje życie prowadził dzienniki w języku polskim, całokształt jego twórczości literackiej stworzony został w języku polskim, jak i większość jego listówO twórczości literackiej Čiurlionisa.