W 1800 rozparcelowano ogrody klasztorne pod budowę nowej ulicy Felicjańskiej, zmniejszając tym samym posiadłość klasztoru o południowo-zachodnią jej część.
W 1866 roku, po powstaniu styczniowym, władze carskie zdecydowały o zamknięciu kościoła. Klasztor funkcjonował jeszcze przez kilka lat. Przybyły do niego zakonnice z kilku innych skasowanych klasztorów diecezji mińskiej. Na początku 1871 roku benedyktynki wywieziono do Kimbarówki pod Mozyrzem (do klasztoru cysterek). 20 września 1871 roku podpisano ukaz o likwidacji klasztoru mińskiego. Dwanaście mniszek mińskich postanowiono skierować do klasztoru w Nieświeżu, dokąd przybyły już 30 października tegoż roku. Następnie, po ostatecznej likwidacji klasztoru nieświeskiego, benedyktynki mińskie ulokowano w klasztorze słonimskim.
Kościół św. Wojciecha i klasztor w 1871 roku przekazano Cerkwi prawosławnej. Dziekan nadniemeński wystosował pismo do władz rosyjskich z prośbą o umożliwienie zabrania ołtarzy, obrazów i majątku ruchomego benedyktynek do kościoła św. Trójcy na Złotej Górce w Mińsku oraz do świątyni w Świerżeniu. Organy zostały sprzedane zborowi kalwińskiemu w Kojdanowie. Klasztor benedyktynek został przekształcony na żeński monaster prawosławny Przemienienia Pańskiego. Rok później rozpoczęto przebudowę zespołu klasztornego.