Dzięki staraniom ksieni Katarzyny Scholastyki Świrskiej w latach siedemdziesiątych XVII wieku rozpoczęto budowę niewielkiego murowanego klasztoru w miejsce zniszczonego drewnianego. W 1682 roku cały zespół klasztorny został poddany rekonstrukcji i rozbudowie, która była możliwa dzięki nowym fundacjom i powiększeniu posiadłości benedyktynek. Pod koniec XVII wieku plac należący do zakonnic wynosił już około 100 włók (ok. 1795,5 ha). Budowę kościoła i klasztoru zakończono w 1690 roku. Nowa murowana świątynia została konsekrowana przez Mikołaja Słupskiego, biskupa gracjanopolitańskiego, archidiakona wileńskiego. W latach osiemdziesiątych XVIII wieku dokonano przebudowy w stylu późnobarokowym według projektu Tomasza Romanowskiego.
Po włączeniu Mińska do Imperium Rosyjskiego w 1793 roku kościół i klasztor nadal funkcjonowały. Według dokumentów rewizyjnych z 1799 roku kościół miał jedną całą wieżę pokrytą blachą i zwieńczoną żelaznym krzyżem, druga zaś była zniszczona na skutek uderzenia pioruna i tymczasowo była pokryta gontem. Ignacy Borejko Chodźko na początku XIX wieku przekazał informacje o tym, że pierwszy biskup powołanej w 1798 roku diecezji mińskiej, Jakub Ignacy Dederko, zlecił na początku swych rządów odnowienie wież na kościele św. Wojciecha. Według Chodźki budowę zakończono w 1803 roku.