W tym czasie Kitchener popadł w konflikt z brytyjskim gubernatorem Kolonii Przylądkowej, Alfredem Milnerem. Milner dążył do tego, aby po zakończonej wojnie poddać Burów przymusowej anglicyzacji. Kitchener opowiadał się za przyznaniem Burom równych praw wobec Anglików oraz stworzeniem warunków, aby południowa Afryka mogła uzyskać autonomię. Wobec przedłużającej się wojny rząd brytyjski poparł Kitchenera. Po podpisaniu traktatu pokojowego Kitchener został awansowany do stopnia pełnego generała oraz otrzymał tytuł 1. wicehrabiego Kitchener.
W Indiach i Egipcie Po zakończeniu wojny w Afryce Południowej Kitchener został przeniesiony do Indii, gdzie w 1902 r. został naczelnym dowódcą wojsk brytyjskich w tej kolonii. Jego kadencja upłynęła w 1907 r., ale przedłużono ją o 2 lata. W tym czasie Kitchener zreorganizował Armię Indyjską. Popadł również w spór z wicekrólem, lordem Curzonem, na temat obecności wojskowych w Radzie Indii. Curzon nie zdołał uzyskać poparcia ze strony rządu i w 1905 r. podał się do dymisji. Stał się wówczas zawziętym wrogiem generała. Podczas pobytu w Indiach Kitchener złamał nogę na skutek upadku z konia.