II wojna burska W 1899 r. Kitchener przybył do południowej Afryki, gdzie został szefem sztabu lorda Robertsa podczas II wojny burskiej. W listopadzie 1900 r., po rozbiciu regularnych sił burskich, Kitchener przejął dowodzenie nad całością brytyjskich sił uczestniczących w wojnie. Następnie prowadził z przywódcami burskimi rokowania pokojowe, które zakończyły się fiaskiem w lutym 1901 r., z powodu sprzeciwu rządu brytyjskiego.
Wobec fiaska rozmów pokojowych Kitchener rozpoczął brutalną kampanię przeciwko burskim partyzantom. Obliczona ona była na pozbawienie partyzantów zaplecza w postaci ludności cywilnej. W tym celu palono farmy, zabijano zwierzęta gospodarskie, a kobiety, dzieci i starcy byli umieszczani w obozach koncentracyjnych. W 1902 r., po 6-miesięcznych negocjacjach, podpisano traktat pokojowy w Vereeniging, który ostatecznie zakończył wojnę.