Chociaż polityka Péreza zaowocowała zwiększonym sukcesem finansowym opartym na wykorzystaniu wysokiego potencjału marketingowego klubu na całym świecie, zwłaszcza w Azji, była ona coraz bardziej krytykowana za zbytnie skupienie się na marketingu marki Real Madryt, a za mało na piłce nożnej klubu. Swoją rezygnację ogłosił 27 lutego 2006 przyznając, że drużyna i klub jako całość potrzebują nowego kierunku.
Lata 2009– 1 czerwca 2009, jako jedyny kandydat, został ponownie wybrany prezesem Realu Madryt5.
Na sezon 2009/10 zatrudnił trenera Manuela Pellegriniego, którego przedstawił 2 czerwca 2009, dzień po swojej inauguracji. Dokonał również wielomilionowej inwestycji w wysokości 264 milionów euro, aby podpisać kontrakt z ośmioma zawodnikami, w tym: Cristiano Ronaldo – 96 mln euro, Kaká – 65 mln euro, Benzema – 35 mln euro, Xabi Alonso – 30 mln euro. Zespół rywalizował w Lidze Mistrzów do ostatnich rund, osiągając pozycję wicelidera z łączną liczbą 96 punktów, będąc tylko trzy punkty za FC Barceloną.