Wojsko desygnowało go na prezydenta. Jedną z pierwszych decyzji nowego prezydenta było uwolnienie więźniów politycznych. Jak się szybko okazało, rządy Amina coraz bardziej dryfowały w stronę tyranii. Początkowo współpracował z Wielką Brytanią, Izraelem i RPA. Znany ze swojego nacjonalizmu Amin był zmienny w poglądach i często podejmował pochopne decyzje. W 1972 roku zdecydował o wypędzeniu z kraju wszystkich Azjatów (50 tysięcy osób) stanowiących ekonomiczną elitę kraju. Decyzja poskutkowała katastrofą ekonomiczną. W tym samym roku publicznie obraził rządy Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych Ameryki. Zerwał również współpracę z Izraelem, będącym dotychczas jednym z głównych sojuszników Ugandy. Dotychczasowi sojusznicy Amina – Wielka Brytania, Izrael (Amin w niechęci do Izraela posunął się nawet do publicznego chwalenia holocaustu) i RPA szybko stały się według niego głównymi przeciwnikami Ugandy. Jako muzułmanin zwrócił się o pomoc do Libii.