Celem zdobycia finansów dla rebeliantów organizował przemyt złota i kości słoniowej. Czerpał z tego zyski, przez co rzucił na swoją armię podejrzenie o przemycanie złota ze wschodu Konga.
W kwietniu 1966 wciąż będący premierem Milton Obote zlecił Aminowi obalenie ówczesnego monarchistycznego prezydenta – Edwarda Mutesy. 23 maja tego roku Amin zaatakował pałac w Mengo i zmusił Mutesę do ustąpienia, po czym dokonał rzezi na popierających Mutesę Bugandyjczykach, nazywając ten akt brutalności dokładną robotą. W nagrodę uzyskał od Obote stanowisko szefa armii. Jednak 25 stycznia 1971 – już jako generał – dokonał zamachu stanu i obalił Miltona Obote, który w tym czasie przebywał w Singapurze na szczycie Commonwealthu. Pucz wojskowy dokonany przy pomocy izraelskich tajnych służb i wsparty przez Wielką Brytanię, wyprzedził planowane przez Obote odsunięcie Amina od stanowiska dowódczego.