Szef policji w Kenii usiłował zrealizować śledztwo w sprawie odpowiedzialności Amina za ludobójstwo, lecz rozkazy zwierzchnictwa zmusiły go do poniechania tych zamiarów: brytyjscy gubernatorzy Kenii oraz Ugandy, a także premier autonomicznego rządu kolonialnego Ugandy – Milton Obote – postanowili zatuszować sprawę w celu uniknięcia jakichkolwiek ekscesów, zaś Amin otrzymał jedynie surową naganę: nigdy nie postawiono go przed sądem wojskowym. Pod wpływem tego wydarzenia Erich Wiedemann oskarżał Brytyjczyków o to, że dostarczyli urodzajnej gleby ziarnu brutalności kiełkującemu w sercu Amina. Podobne poglądy reprezentował Ryszard Kapuściński, który uważał, że wysoką pozycję w armii Ugandy zawdzięczał pragnieniom brytyjskich oficerów do zachowania wpływów w armii postkolonialnej.
W tym czasie odnosił również sukcesy sportowe, z których największym było zdobycie tytułu mistrza Ugandy w boksie w wadze półciężkiej. Gdy w 1962 r. Uganda uzyskała niepodległość, Amin awansował na kapitana. W 1963 został majorem, po czym wysłano go do Anglii na doszkolenie. W 1964 żołnierze brytyjscy wyjechali z Ugandy, a Amin został pułkownikiem i głównodowodzącym armii. Jako pułkownik nielegalnie wspierał buntowników walczących z rządem Mobutu Sese Seko w Kongo-Kinszasie (obecnie Demokratyczna Republika Kongo).