Działania eskadry w kampanii wrześniowej W kampanii wrześniowej walczyła w składzie lotnictwa Armii „Pomorze”. Na uzbrojeniu eskadry znajdowało się siedem samolotów Lublin R-XIIID i R-XIIIC oraz dwa samoloty łącznikowe RWD-8.
Od rana 1 września trwało bombardowanie lotniska w Bydgoszczy (Biedaszkowo). Straty były niewielkie. W tym czasie z lotniska Czersk wystartowała załoga: por. obs. Wacław Szcześniewski i kpr. pil. Zygfryd Ossowski z zadaniem rozpoznania kierunków Człuchów–Chojnice i Bytów–Kościerzyna. Zauważono jednostkę pancerno-motorową w marszu na Chojnice oraz walki w pobliżu tego miasta. Załogi II/46 plutonu rozpoznawały obszar w rejonie odpowiedzialności 15 Dywizji Piechoty. Por. obs. Kazimierz Szymański i kpr. pil. Edmund Gałężewski polecieli rozpoznać rejon Piła–Złotów. Por. obs. Jan Wronka i kpr. pil. Piotr Oczki mieli za zadanie rozpoznać ewentualne przeprawy nieprzyjaciela przez Noteć w okolicach Nakła. Ze względu na poranną mgłę, to ostatnie zadanie nie zostało wykonane. 2 września I/46 pluton przeniósł się na lądowisko Lniano. Stąd załoga por. obs. Mirosława Pszczółkowskiego rozpoznawała rejon Świekatowo–Koronowo, a por. obs. Szcześniewski z kpr. pil. Ossowskim polecieli w rejon szosy Bydgoszcz–Gdańsk w celu przekazania rozkazów dla dowódcy 2 pułku szwoleżerów.