Porządkowano sprzęt i wyposażenie lotnicze. 15 maja dowództwo II wydzielonego dywizjonu przeniosło się na lotnisko Bydgoszcz-Biedaszkowo. Ze względu na fiasko użycia Korpusu Interwencyjnego, w sierpniu dywizjon został rozwiązany.
Mobilizacja eskadry Ze względu na bliskość granicy polsko-niemieckiej, 46 eskadra mobilizowała się już od czerwca 1939 i osiągnęła gotowość bojową w ramach „cichej” mobilizacji. W dniach 23–24 sierpnia uzupełniono jedynie braki w zakresie wyposażenia i taboru samochodowego. W związku z rozwiązaniem 49 eskadry towarzyszącej, część jej personelu latającego została wcielona do obu plutonów eskadry. W tym czasie jednostka została przemianowana na 46 eskadrę obserwacyjną.
Ponieważ nie doszło do użycia Korpusu Interwencyjnego, w składzie którego była między innymi 46 eskadra, jej plutony przydzielono do dyspozycji dowódców wielkich jednostek. I/46 pluton został oddany pod rozkazy dowódcy Pomorskiej Brygady Kawalerii, a II/46 pluton wszedł w podporządkowanie dowódcy 15 Dywizji Piechoty. 30 sierpnia oba plutony odleciały na wyznaczone lotniska: I pluton do Czerska, a II pluton do Biedaszkowa. Tam wcześniej udały się ich rzuty kołowe.