Już od marca 1939 do eskadry wcielano rezerwistów powoływanych indywidualnie kartami MOB. Przygotowywano też sprzęt lotniczy i tabor samochodowy dla obu plutonów usamodzielniając je taktycznie.
Mobilizacja eskadry Mobilizacja eskadry została przeprowadzona w dniach 24 i 25 sierpnia 1939 na macierzystym lotnisku w Toruniu. W zasadzie było to tylko uzupełnienie wyposażenia technicznego oraz taboru samochodowego, gdyż jednostki bojowe 4 pułku lotniczego osiągnęły wcześniej pełną gotowość bojową ze względu na bliskość granicy z Niemcami. Od 26 sierpnia personel eskadry przebywał stale na terenie lotniska. Zgodnie z planem I/43 pluton oddany został do dyspozycji dowódcy Armii „Pomorze”, a II/43 pluton miał podlegać dowódcy Grupy Operacyjnej „Wschód”. 31 sierpnia rzut kołowy eskadry odjechała na lotnisko Toruń-Katarzynki, a samoloty obu plutonów z załogami pozostawały nadal na lotnisku toruńskim.
Działania eskadry w kampanii wrześniowej W kampanii wrześniowej eskadra walczyła w składzie lotnictwa Armii „Pomorze”. Na uzbrojeniu pododdziału znajdowało się początkowo siedem samolotów obserwacyjnych Lublin R-XIIID i dwa samoloty łącznikowe RWD-8.