ćwiczenia letnie eskadra odbywała w rejonie Włocławka i na poligonie Czerwony Bór. Wzięła też udział w koncentracji lotnictwa w Warszawie. W zawodach sportowych 4 pułku lotniczego, w konkurencji „wielobój oddziałowy”, zespół 43 eskadry zajął II miejsce. W czasie ćwiczeń letnich w 1936, I pluton ćwiczył z 15 Dywizją Piechoty, a II pluton, po ćwiczeniach z 16 Dywizją Piechoty, uczestniczył w koncentracji i manewrach 16. i 4 Dywizji Piechoty. III pluton wspierał oddziały 10 Dywizji Piechoty. W wyniku reorganizacji lotnictwa, jesienią zaczęto tworzyć 46 eskadrę towarzyszącą. Jednostka została utworzona na bazie III/43 plutonu. 43 eskadra została zredukowana do 2 plutonów i weszła w skład nowo tworzonego II/4 dywizjonu towarzyszącego. W lutym 1938 załogi ćwiczyły działania taktyczne, a latem prowadzono strzelania lotnicze na poligonie Toruń.
Działania 36 eskadry obserwacyjnej w 1939 Zagrożenie militarne ze strony Niemiec spowodowało konieczność intensyfikacji doskonalenia personelu latającego i technicznego.