Kilka dni potem wznowiono szkolenie, tym razem na poligonie w Czerwonym Borze.
W maju 1939 eskadra przezbrojona została w samoloty RWD-14b Czapla.
25 sierpnia tego roku, po przeprowadzonej mobilizacji alarmowej, jednostka została przemianowana na 13 Eskadrę Obserwacyjną.
W nocy z 26 na 27 sierpnia rzut kołowy przemieścił się na lotnisko polowe w Czerwonym Borze. 28 sierpnia na tym lotnisku wylądował rzut powietrzny: 7 samolotów obserwacyjnych RWD-14b Czapla i 2 samoloty łącznikowe RWD-8. Następnego dnia II pluton odleciał na lądowisko koło folwarku Dobra Wielka, do dyspozycji dowódcy Oddziału Wydzielonego „Suwałki”.
Działania 13 eskadry obserwacyjnej w kampanii wrześniowej thumb W czasie kampanii wrześniowej 1939 eskadra początkowo walczyła w składzie Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Narew”, a 10 września została przydzielona do dyspozycji dowódcy Frontu Północnego, mimo iż jeszcze przez kilka dni wykonywała zadania dla SGO „Narew”.