W kolejnych latach eskadra ćwiczyła walki powietrzne i zwalczanie celów naziemnych na różnych poligonach. Poszczególne plutony współdziałały z wojskami lądowymi. W czasie ćwiczeń miały też miejsce kolejne wypadki lotnicze. W październiku 1935 samolot R-XIII zderzył się z samolotem P-7. Sierż. pil. Jan Kozłowski poniósł śmierć, a sierż. Wolf doznał ciężkich obrażeń. W 1936 w locie treningowym zginął kpr.pil. Gerard Kucharski, a st. szer. Tadeusz Szadkowski uległ ciężkim obrażeniom.
Rozkazem Departamentu Dowodzenia Ogólnego MSWojsk. L.dz. 4359/tjn. z 19 lipca 1937 dokonano reorganizacji 13 eskadry Towarzyszącej. Na jej bazie utworzono nową 13 eskadrę towarzyszącą oraz 16 i 19 eskadry towarzyszące. Wszystkie nowe eskadry posiadały w swoim składzie dwa plutony i podlegały dowództwu nowo utworzonego VI/1 dywizjonu towarzyszącego.
W czerwcu 1938 13 eskadra przebywała na lotnisku Rakowice koło Krakowa. 5 czerwca w trybie alarmowym przesunięto eskadry VI dywizjonu do Pohulanki koło Wilna. Ten nagły przerzut samolotów na Wileńszczyznę miał związek z zaistniałym polsko–litewskim konfliktem granicznym. 10 czerwca samoloty powróciły na Okęcie.