Potem przez kolejnych pięć okrążeń statek przelatywał nad obszarami, gdzie nie było łączności. W przypadku normalnego lotu czas ten był przeznaczony na sen. Przy trzynastym okrążeniu Ziemi Komarow poinformował, że ma jeszcze pewne kłopoty z rotacją, ale wszystkie problemy zostały rozwiązane. Jednak w trakcie czternastego okrążenia pogorszeniu uległa jakość połączenia radiowego w związku z ponowną awarią systemu stabilizacji. W tym czasie na wyrzutni stała już rakieta Sojuz 2 i rozpoczęło się tankowanie paliwa. Kosmonauta zdając sobie sprawę, że niedziałający prawidłowo pojazd nie jest w stanie wykonać zaplanowanego zadania, poprosił o odłożenie startu drugiego Sojuza przynajmniej o dobę. Centrum potwierdziło odłożenie startu, jednak nie tyle z obawy o bezpieczeństwo misji, ile raczej z faktu, że nad Bajkonurem rozszalała się burza. W kapsule przestała działać klimatyzacja. W trakcie szesnastego okrążenia utracono całkowicie panowanie nad statkiem. Choć Komarow opanował sytuację i tym razem, centrum dowodzenia wydało polecenie natychmiastowego zakończenia lotu przy najbliższym okrążeniu planety.