Ze względu na trudność ze stabilizacją, zapłon silników nastąpił dopiero przy osiemnastym okrążeniu.

W przeciwieństwie do sferycznego Wostoka, kapsuła Sojuza była wyraźnie spłaszczona od spodu, co pozwalało zapewnić pewną nośność aerodynamiczną w atmosferze. Pod tym względem Sojuz był podobny do modułu Apollo. Jednak to rozwiązanie miało również wadę: statek wymagał znacznie precyzyjniejszego ustawienia przed przystąpieniem do manewru powrotu niż Wostok. Problemy z orientacją statku spowodowały, że pierwsze zejście z orbity przy użyciu urządzeń automatycznych nie powiodło się i Komarow musiał, podczas następnego okrążenia Ziemi, manewrować ręcznie, na podstawie obserwacji Księżyca (początek procedury zejścia z orbity tak, aby do lądowania doszło na terytorium ZSRR odbywał się nad nocną półkulą Ziemi). Ta powtórna próba zejścia z orbity odbyła się już prawidłowo, po trajektorii sprowadzającej statek zgodnie z zamierzeniami tak, aby mógł wylądować na spadochronach w południowej Rosji lub w Kazachstanie. Kolejna awaria, tym razem czujnika ciśnienia atmosferycznego spowodowała jednak, że nie otworzył się spadochron główny. Rozwinął się tylko niewielki spadochron hamujący – kolejny poważny błąd konstrukcyjny.