Według wizytacji biskupiej, przeprowadzonej w 1577 r. przez Jana Karnkowskiego, prepozytem św. Idziego w szpitalu św. Stanisława był wikariusz bydgoski ks. Nikodem Taborowski. W placówce mieszkało wówczas 60 ubogich, którzy żyli z jałmużny. Z kolei z wizytacji biskupa Hieronima Rozdrażewskiego z 1582 r. wynika, że żyło w nim 50 pensjonariuszy, a prepozytem był ks. Benedykt Baborowski z diecezji płockiej. Księża odprawiali w kaplicy pięć mszy tygodniowo. Żywność dla ubogich pochodziła z pól uprawianych przez witryków, zaś czynsze należne z ogrodów i domów wydawano na zakup drewna i bieżące potrzeby ubogich.

W 1583 r. kościół pw. św. Stanisława został konsekrowany. Przylegał on bezpośrednio od strony wschodniej do budynków szpitala. Wzniesiono go w formie murowanego budynku, jednonawowego, bezwieżowego, z wydłużonym prezbiterium. Przy kościele istniał dom prepozyta oraz cmentarz.

W 1596 r. zanotowano, że szpital z kaplicą św. Stanisława jest konsekrowany i dobrze utrzymany;