W 1529 r. starosta bydgoski Stanisław Kościelecki polecił od nowa zbudować kościół i szpital pod wezwaniem św. Stanisława biskupa i męczennika. W dwa lata później proboszcz parafii farnej oddał pod budowę ogród położony na Przedmieściu Kujawskim, a w zamian otrzymał dwa mniejsze ogrody na Przedmieściu Gdańskim. W 1543 r. król Zygmunt Stary przebywający w Brześciu Litewskim, zezwolił staroście bydgoskiemu Janowi Kościeleckiemu na oddanie szpitalowi św. Stanisława karczmy i należnego z niej czynszu. Karczma ta, w której według opisu zatrzymywali się handlarze soli, położona była za murami miasta, przy drodze wiodącej od Bramy Kujawskiej do szpitala.
Na początku szpital nie miał własnego kościoła, a jako kaplica służył pobliski kościół św. Idziego (do 1583 r.) W 1544 r. zapisano, że przytułek był gotowy, a w 1553 r. wymurowano również kaplicę.