Po kwestionowanym zwycięstwie Kibakiego w wyborach prezydenckich, co w rezultacie doprowadziło kraj na krawędź wojny domowej, Uhuru Kenyatta 8 stycznia 2008 został mianowany ministrem rządu lokalnego w jego gabinecie. 13 kwietnia 2008, po utworzeniu rządu jedności narodowej z Pomarańczowym Ruchem Demokratycznym Raili Odingi po długich negocjacjach politycznych, Kenyatta objął stanowisko wicepremiera i ministra handlu. 23 stycznia 2009 w wyniku zmian w gabinecie objął funkcję wicepremiera i ministra finansów.
W marcu 2011 roku prokurator Międzynarodowego Trybunału Karnego wysunął wobec Kenyatty i pięciu innych kenijskich polityków oskarżenie o dokonanie zbrodni przeciwko ludzkości w czasie zamieszek po wyborach prezydenckich z 2007 roku. 23 stycznia 2012 Biuro Prokuratora wysunęło oficjalny akt oskarżenia, w którym potwierdziło zarzut zbrodni przeciwko ludzkości, w tym morderstwa, deportacji bądź przymusowych przesiedleń, gwałtu, prześladowania oraz innych niehumanitarnych działań. MTK uznał go za pośredniego współprzestępcę, odpowiedzialnego za dokonanie ataku pomiędzy 24 a 28 stycznia 2008 na mieszkańców miast Nakuru i Naivasha, popierających w czasie wyborów kandydaturę Raili Odingi.