W październiku 2002 roku wybór prezydenta zatwierdziło kierownictwo partii i oficjalnie mianowało Kenyattę kandydatem KANU w wyborach prezydenckich zaplanowanych na grudzień tego samego roku.
W wyborach prezydenckich z 27 grudnia 2002 Kenyatta został sromotnie pokonany przez lidera opozycji, Mwai Kibakiego, co oznaczało zakończenie 39-letnich rządów partii KANU. Uzyskał 31% głosów poparcia, podczas gdy Kibaki zdobył 62% głosów. Jego porażkę tłumaczono niewielkim doświadczeniem politycznym i odbieraniem jego osoby przez społeczeństwo jako człowieka prezydenta Moi, mającego zapewnić mu spokojną emeryturę. Kenyatta uzyskał jednakże mandat parlamentarny i został liderem opozycji. W styczniu 2005 roku objął stanowisko przewodniczącego KANU, pokonując w partyjnym głosowaniu Nicholasa Biwotta stosunkiem głosów 2980 do 622.
We wrześniu 2007 roku Kenyatta zdecydował się nie brać udziału w grudniowych wyborach prezydenckich, udzielając poparcia swemu dotychczasowemu przeciwnikowi politycznemu, prezydentowi Mwai Kibakiemu (kopia z Internet Archive). Jak wyjaśniał nie zdecydował się na start, nie będąc pewnym zwycięstwa.