Zdaniem MTK, Kenyatta miał odgrywać centralną rolę w rozmowach między rządem a bojówkami Mungiki i przyczynić się do ich odwetowego ataku na ludność cywilną. W rezultacie oskarżeń, 26 stycznia 2012 zrezygnował ze stanowiska ministra finansów, zachowując jednakże funkcję wicepremiera.
W 2012 roku został pozbawiony stanowiska przewodniczącego oraz członkostwa w KANU. W tym samym roku postanowił ubiegać się o stanowisko prezydenta w wyborach prezydenckich z ramienia Sojuszu Narodowego. W grudniu 2012 roku zawarł sojusz polityczny z Williamem Ruto, również oskarżonym przez MTK o zbrodnie przeciwko ludzkości w czasie zamieszek z 2008 roku. W wyniku porozumienia Ruto został kandydatem na urząd wiceprezydenta u boku Kenyatty.
W czasie kampanii wyborczej kwestia przyszłego procesu Kenyatty przed MTK, którego początek zaplanowany został na wiosnę 2013 roku, była jednym z głównych tematów, spychając na dalszy plan sprawy gospodarcze. Kenyatta zaprzeczał postawionym mu zarzutom, deklarując jednocześnie pełną gotowość do uczestnictwa w procesie, również w razie ewentualnej wygranej w wyborach. Kwestię zarzutów MTK uznał za mieszanie się w sprawy wewnętrzne kraju, przedstawiając się jako ofiarę zagranicznego spisku.